واعتُقد منذ فترة طويلة أنه العقل المدبر للمشروع، ولكن العديد من الأشخاص الآخرين قالوا عكس ذلك على مر القرون. البداية عندما اكتشف نقشاً حجرياً لأاول مرة في 1838، بعدما وحلله العلماء الإيطاليون، وادعوا أنه يثبت (دون أدنى شك) أن بونانو كان المهندس المعماري. ويكشف أيضاً أن بونانو كان فخوراً في البداية بعمله الرائع.
ولكنه شعر بالخزي عندما بدأ الميلان، حيث تراجع البرج إلى زاوية غير مستقرة بعد 5 سنوات فقط من بدء العمل، ودفنت أي صلة له بالمشروع الجديد بسبب هذا الحادث. شاهد أيضاً: أب يجبر ابنه على التسول في محطة قطار ليعلمه درسا في الحياة!
ولكن حياته الغامضة وغير الموثقة نسبياً، أطلقت نظريات مفادها أن آخرين، بمن فيهم المهندسان المعماريان، جيراردو دي جيراردو وجيوفاني دي سيمون، كانا وراء المشروع. وفي الدراسة، حلّلت جوليا أمّاناتي، وهي خبيرة لاتينية من جامعة بيزا الإيطالية، النقش الحجري. وعند اكتشافه لأول مرة منذ زهاء 200 عام، اعتُقد أنه جاء من تابوت بونانو. ولكن التحليل الدقيق قلّل من هذا الاحتمال، لأن الحروف المنحوتة كانت طويلة للغاية، مع سطرين آخرين من النثر يشيران إلى أن هناك لغزا محيراً. وكانت الكتابة اللاتينية، التي حُجبت على مدار 800 عام منذ إنشاء البرج بسبب التعرية، باهتة للغاية. وبالإضافة إلى اسمه الكامل على اللوح الحجري، وكتب على النقش باللغة الإيطالية جملة "Mìrificùm qui cèrtus opùs condéns statui ùnum, Pìsanùs civìs Bonànnus nòmine dìcor"، التي تترجم إلى: "أنا، الذي أقام هذا العمل الرائع بلا شك، قبل كل شيء، مواطن من بيزا باسم بونانو". وتقول أماناتي، الخبيرة في دراسة الحفريات القديمة، إن كلمة واحدة على وجه الخصوص تكشف عن مدى فخر المهندس الطموح بعمله، الصفة "cèrtus" تعني "التأكيد بلا شك"، التي تعرب عن اعتزازه بكونه المهندس المعماري.
